研究院最高决策机构为院长办公会议，由院长、副院长、院长助理、理事局主席、副主席、学术委员会主席、学术委员会副主席、顾问委员会主席、顾问委员会副主席、总干事、副总干事、院办公室主任、院办公室副主任等人员组成。院长为最高管理者。院长办公室为日常管理执行机构，下设：行政部、宣组部、财务部、信息部、《院刊》部。